Deftones, 1998 yılında Sacramento, California’da o sırada henüz lise öğrencileri olan Stephen Carpenter (gitar), Abe Cunningham (davul) ve Chino Moreno (vokal) tarafından kuruldu. Grubun ilk ekipmanlarını satın alması, Carpenter’a sarhoş bir sürücünün çarpması sonucu hak kazandığı tazminat sayesinde gerçekleşti. Kısa süre sonra Deftones yerel sahnede boy göstermeye başladı ve daimi bas gitarist Chi Cheng’i bulana kadar birkaç farklı isimle çalıştı.
İlk başlarda daha çok heavy-metal sounduna sahip olmasına rağmen, Deftones 90’ların başında, Tool, Rage Against The Machine ve Faith No More gibi öncü grupların da etkisiyle sounduna yeni unsurlar ekledi. Dört güçlü şarkıdan oluşan ilk demo kısa sürede tamamlandı ve grup Madonna’nın plak şirketi Maverick Records ile bir albüm anlaşmasına imza attı. Aynı zamanda Soundgarden ve Pantera gibi grupların prodüktörü olan Terry Date ile çalışmaya başlayan Deftones, ilk albümü Adrenaline’i 1995 yılının Ekim ayında yayınladı.
Deftones sürekli konserler vererek ve Ozzy Osborne, L7 ve Korn gibi gruplarla birlikte sahne olarak kısa sürede kendine geniş bir fan kitlesi oluşturmayı başardı. Adrenaline albümünün satışlarının 200.000’e ulaşmasıyla grubun ikinci albümü “Around The Fur” ile ilgili beklentiler zirveye çıktı. Ekim 1997’de yayınlanan “Around The Fur”, içerdiği “My Own Summer” ve “Be Quiet and Drive” gibi hitler sayesinde MTV’nin gruba ciddi ilgi göstermesini sağladı. Bu sırada turntable’da gruba katılan Frank Delgado ile Deftones beş kişilik bir grup halini aldı.
Deftones’un üçüncü stüdyo albümü “White Pony” Haziran 2000’de, o yılın en çok beklenen albümlerinden biri olarak yayınlandı. Listelere üçücü sıradan giriş yapan “White Pony” aynı zamanda Deftones’un soundunda yenilikler yapmaktan korkmayan bir grup olduğunun göstergesiydi. Bu albüm aynı zamanda vokalist Moreno’nun tercihiyle, The Cure ve The Smiths gibi 80’li yılların modern rock gruplarının etkilerini yansıtıyordu. Albüm turnesinin bitiminde Moreno, çocukluk arkadaşları olan efsanevi Faith No More vokalisti Mike Patton ve eski Hole basçısı Melissa Auf Der Maur’un katkıda bulunduğu Team Sleep adında bir yan proje oluşturdu.
Deftones, Mayıs 2003’te “The Deftones” adını verdiği dördüncü stüdyo albümünü yayınladı. İlk single “Minerva” ile birlikte grup Metallica ve Linkin Park’ın da yer aldığı “Summer Sanitarium” turnesine katıldı. Aynı dönemde Deftones Billboard 200 listesinde 2 numaraya kadar yükseldi. Son olarak Ekim 2005’te Deftones, “B-sides and Rarities” adında iki CD’den oluşan bir box set yayınladı.